mencoder

zB

mencoder -ovc lavc -lavcopts vcodec=mpeg4:vbitrate=2000:aspect=16/9 -af volnorm=1 -oac mp3lame -lameopts cbr:br=128 -of avi -o <outputfile> <inputfile1> <inputfile2> usw

-aid 129 (andere Tonspur)
Tonspur auslesen indem das file mit mplayer kurz angespielt wird...